Ученик знаменитого Д. Н. Анучина, Крубер был профессором и заведующим кафедрой географии Московского университета, одновременно директором НИИ географии МГУ. Побывал во многих экспедициях, изучая болота и озера Центральной России. Но наибольшую известность ему принесло изучение карста. Исследовал провальные карстовые озера Тульской губернии, Кавказа, Крыма, Югославии.
Его статья «О карстовых явлениях в России» (1900) представляла собой первую сводку по карсту европейской части России и стала классической для спелеологов-путешественников. Таким образом, Крубер небеспочвенно считается основоположником советского карстоведения. Богатый опыт и широкий кругозор путешествующего географа позволили ему написать ряд учебников и составить хрестоматию по физической географии. Был главным редактором журнала «Землеведение», награжден Серебряной медалью им. П. П. Семенова-Тян-Шанского Русского Географического общества.
Именем Крубера названы: горный хребет на острове Итуруп (Курилы), карстовые пропасти в горном Крыму и на Кавказе.
Годы жизни 1871 – 1941